為鼓勵公司持續投入高附加價值之創新研究發展活動，提升技術能力，以因應國際競爭環境，並透過研究發展之外部效益及產業關聯效果，帶動整體產業升級及經濟成長，99年5月12日制定公布之產業創新條例第10條明定公司得在投資於研究發展支出金額15％限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，但最高以該稅額之30％為限。依據前開條文第2項授權規定，財政部配合經濟部共同訂定「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」（以下簡稱本辦法），於99年11月8日發布，施行日期配合產業創新條例追溯至99年1月1日。

財政部表示，我國依行政院賦稅改革委員會結論，進行所得稅制整體改革，已構建一輕稅簡政並具國際競爭力之租稅環境，產業創新條例第10條雖延續原促進產業升級條例第6條第2項研究與發展支出投資抵減之租稅獎勵措施，惟其適用範圍及申請程序均有不同。擇要說明如下：

一、適用產業之普遍性：

本辦法所稱研究發展，指公司以科學方法自行從事產品、技術、勞務或服務流程之創新活動，其態樣包括研究發展單位為開發或設計新產品或新服務之生產程序、服務流程或系統及其原型、為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。亦即，公司投入研究發展符合前開定義及態樣者，均可依法申請適用，各產業（包括服務業）均可同享租稅獎勵之效益。

二、嚴謹訂定適用範圍，僅納入高度創新研究發展活動：

因應全球化與國際化潮流，多數企業為本身競爭力考量，均已自發性積極投入研究與發展活動。我國營利事業所得稅稅率自99年度起由25％調降為17％，即係希望經由前開稅率大幅調降節省企業之所得稅，將資金保留予企業自由運用，提升企業資金運用效率，企業可於依從成本最小及運用效益最大之情況下，投入研究發展活動。公司為維持本身競爭力或為符合相關法規要求所進行之一般性或基礎性研究發展支出，已可運用前開營利事業所得稅稅率調降之政府補助款支應其資金需求，故本辦法之適用範圍，僅限於符合高度「前瞻性」、「開創性」、「風險性」與「外溢性」之研究發展活動支出，始可適用產業創新條例第10條投資抵減租稅優惠。

三、行政機關橫向專業分工之審查機制：

考量各產業研究發展活動之多樣化及專業性，研發事實之認定具備高度專業性，為澈底改善原促進產業升級條例施行期間，公司與稽徵機關對於研究發展事實之認定不一衍生爭議及稅負不確定情形，以符合各界期待並落實政府獎勵政策之美意，本辦法明定由各產業主管機關負責專為用於研究發展所購買或使用之專用技術、專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統及公司與國外業者共同研發專案認定之申請及創新研究發展事實之認定；稽徵機關負責支出項目、金額及憑證之審查，藉由行政機關間橫向專業分工，共同協助產業創新發展，並期政府租稅獎勵資源運用具有效率。

財政部特別呼籲，公司應於辦理當年度結算申報期間開始前3個月起至截止日後1個月內（以會計年度採曆年制之公司為例，即於次年2月至6月間），檢具有關文件向中央目的事業主管機關申請研究發展事實之認定，始取得適用投資抵減獎勵之基本資格。財政部將於99年度營利事業所得稅結算申報書表及網路申報軟體提醒公司注意上開申請期限之規定，以利新制度順利推動。