財政部表示：土地稅法第54條第1項第1款有關納稅義務人藉變更、隱匿地目等則或於適用特別稅率、減免地價稅或田賦之原因、事實消滅時，未向主管稽徵機關申報，因而逃稅或減輕稅賦者，除追補應納稅額外，應處短匿稅額「3倍」罰鍰之規定，業於99年11月24日經總統公布修正為「3倍以下」，該部爰配合修正發布「稅務違章案件減免處罰標準」第18條及「稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表」土地稅法第54條規定部分，以為因應。

上開規定修正發布後，有關納稅義務人違反土地稅法第54條第1項第1款規定之案件，裁處之罰鍰倍數，將依下列規定辦理：

一、依「稅務違章案件減免處罰標準」第18條規定，其短匿稅額每案每年新臺幣2萬5千元以下者，免予處罰。

二、依「稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表」土地稅法第54條規定部分，其短匿稅額每案每年逾新臺幣2萬5千元至5萬元、逾5萬元至7萬5千元、逾7萬5千元者，分別按短匿稅額處0.5倍、1倍、2倍罰鍰；另為適度疏減訟源，短匿稅額每案每年逾新臺幣5萬元，於裁罰處分核定前已補繳稅款及以書面或於談話筆錄中承認違章事實者，按短匿稅額處0.5倍之罰鍰。

財政部進一步說明，因上開修正之參考表對於短匿稅額在5萬元以上之案件，增訂於裁罰處分核定前已補繳稅款及承認違章事實者，按較低倍數處罰規定，為落實該規定並適度疏解訟源促進徵納和諧，該部業明定前述案件，稽徵機關於辦理裁罰前，應以適當方式輔導受處分人知悉稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表所定減輕處罰倍數規定，並給予陳述意見之機會。至於在前開參考表土地稅法第54條規定部分修正發布前，依上開土地稅法第54條及相關規定裁罰尚未確定之案件，稽徵機關亦應於6個月內，逐案補行通知受處分人得減輕處罰倍數之規定，其繫屬行政法院者，應將財政部令規定陳報行政法院。