財政部臺北市國稅局表示，產業創新條例第10條授權訂定之「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」(簡稱投抵辦法)，業於99年11月8日發布，辦法明定施行日期配合產業創新條例追溯至99年1月1日。惟採特殊會計年度之公司，98會計年度起迄期間跨越98年及99年之研究發展支出，依經濟部100年2月11日發布之經工字第10004600680號令說明，應依支出發生時間分別適用廢止前促進產業升級條例及產業創新條例之規定。
該局說明，採特殊會計年度之公司，99年研究發展支出屬投抵辦法第7條規定專案認定部分，應於解釋令發布日之次日(即100年2月12日)起2個月內，檢附相關文件資料，向中央目的事業主管機關申請。公司屬特殊會計年度2月至8月制，其99年研究發展活動應依投抵辦法第12條第1項規定辦理者，應於解釋令發布日之次日(即100年2月12日)起2個月內，檢附相關文件資料，向中央目的事業主管機關申請研發事實認定。
該局指出，98年度採特殊會計年度之公司，其99年有研究發展支出適用產業創新條例者，應於期限內向中央目的事業主管機關申請研發事實之認定，否則將無投資抵減之適用。另前揭公司因其研究發展支出發生時點分別適用廢止前促進產業升級條例及產業創新條例之規定，於辦理98年度營利事業所得稅結算申報時，請區分98年及99年之研究發展支出，依其所適用之法令規定分別列示申報投資抵減。
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