財政部臺北市國稅局表示，綜合所得稅係採自行申報制，有所得即應申報，納稅義務人對於所得如有疑義，應逕洽稅捐機關查證，不得以個人意思自行認為免稅，而漏未申報，如經查獲，除補徵稅款外，將遭處以短漏稅額2倍以下罰鍰。
該局查獲一件97年度綜合所得稅結算申報案，甲君漏報其行使員工認股權之其他所得，經該局按財政部函釋以其執行認股權日標的股票之時價超過認股價格之差額部分為其所得，據以補稅及處以罰款，甲君主張97年執行該員工認股權係支付相關對價後，方始取得該等股票，並無已實現之所得，提起行政救濟。
嗣該案經臺北高等行政法院判決略以，財政部93年4月30日台財稅字第0930451436號函釋乃基於中央財稅主管機關之職權，依所得稅法第14條第1項第10類規定之意旨，對於公司員工取得認購股票之時價超過認股價格之差額部分核屬「其他所得」所為之釋示，並未於法律規定之外另行創設新的權利義務，符合課稅公平原則；又甲君既有是項所得，自應注意使之符合稅法之強行規定，惟其應注意能注意而不注意，致短漏申報，縱非故意，亦難謂無過失，其漏報系爭其他所得，自應論罰，國稅局除補徵稅款外，並處以罰鍰，於法並無不合為由，乃判決駁回甲君訴求。
該局指出，納稅義務人在辦理個人綜合所得稅結算申報時，若對法律之適用及解釋產生疑義時，應向相關專業機構及人員查詢，於獲得正確及充分之資訊後申報，不得以個人意思自行認為免稅，而漏未申報，以免遭受處罰，影響個人權益。
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