100年9月1日起菸品健康福利捐將納入營業稅稅基，消費者購買菸品時，因菸品健康福利捐金額已包含於銷售額內，因此店家無需在統一發票上另外標示，而店家也不可再以扣除菸品健康福利捐後之金額開立統一發票。
南區國稅局表示：我國營業稅屬一般消費稅性質，營業人銷售貨物或勞務所收取之全部代價，包括營業人在貨物或勞務之價額外所收取之一切費用（除該次銷售之營業稅額外），均為營業稅之稅基。因此100年修正後之營業稅法，於條文中明定將菸品健康福利捐納入營業稅稅基，行政院並核定自100年9月1日起施行。
該局進一步說明：將菸品健康福利捐併入營業稅稅基後，日後健康捐調整時，業者無需再收回舊菸重新包裝，除可降低營業人成本，並可避免滋生消費者質疑菸商賺取健康捐調漲價差之疑慮。而營業人銷售菸品時，其統一發票開立方式，與銷售一般商品並無不同，即買受人為營業人者，應於統一發票上分別載明銷售額與銷項稅額；如買受人為非營業人者，應以定價開立統一發票，且該定價即為開立發票的總計金額，不可將菸品健康福利捐之金額扣除。
南區國稅局提醒，店家銷貨時除應主動開立發票交付買受人，並應確實依規定記載銷售額及稅額，避免因一時疏忽致產生違章情事，而遭受處罰。
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