財政部表示，認購（售）權證持有人如於某一時間或特定到期日，以現金方式結算者，係屬持有人將該權證以履約價值之金額賣回與發行人，應依證券交易稅條例第2條第2款規定，按買賣其他經政府核准之有價證券，依履約價值之金額課徵1‰證券交易稅，並依所得稅法第4條之1規定停止課徵所得稅。

財政部說明，證券型認購(售)權證履約給付採現金結算方式者之課稅方式，依該部86年7月31日台財稅第861909311號函釋，係屬認購（售）權證「標的股票」之交易，應對認購（售）權證之發行人（持有人）依標的股票之履約價格按3‰稅率課徵證券交易稅及對認購（售）權證持有人（發行人）依標的股票之市場價格按3‰稅率課徵證券交易稅。該函釋係依前該部證券暨期貨管理委員會86年7月24日(86)臺財證(五)第04022號公告，認屬標的證券之交易所為解釋。

財政部進一步說明，行政院金融監督管理委員會基於權證市場發展考量，於100年10月4日以金管證券字第1000039960號令變更見解，規定非由國內外標的證券發行公司所發行之認購(售)權證，發行人如採取以現金結算為履約給付方式，係認購(售)權證持有人將該權證以「履約價值」之金額「賣回」予發行人，屬「其他有價證券」之交易，並同時廢止前開該部證券暨期貨管理委員會86年公告。

財政部指出，鑒於行政院金融監督管理委員會廢止前開該部證券暨期貨管理委員會86年公告，是以，前開該部86年函釋有重新解釋之必要，經參照上開行政院金融監督管理委員會100年令釋意旨，重新規範證券型認購(售)權證履約給付採現金結算方式之課稅方式，並廢止86年7月31日台財稅第861909311號函及該部賦稅署87年1月5日台稅二發第871923108號函釋，以資周延。

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