掌握稅源從營業稅籍下手。財政部下令全國稅捐機關，全國120萬家使用統一發票的企業，每一到二年要查稅一次；免用統一發票的小店戶，每半年清查一次，藉由稅籍清查的走動式管理，從源頭控管稅源。
這項稅籍清查作業並經財政部列管，做為稅捐機關考核項目之一，以確立每家企業至少半年到二年內，都要接受稅捐機關至少一次的調查。
財政部表示，營業稅是營利事業所得稅及綜合所得稅的「前哨稅」，營業稅籍清查不僅可防止虛設行號，也可藉由實地清查瞭解營業人的營業狀況，包括有無辦理營業登記，有無誠實開立發票。
財政部強調，經由營業稅籍清查可掌握營業人最新經營資訊，並可達到遏阻業者短漏開發票的逃稅行為，促使業者誠實申報銷售額。
營業稅籍清查原本是稅捐機關例行作業，但財政部近年發現，稅捐機關因人力受限，並未落實執行清查作業，導致課稅資料失真，影響國庫稅收，因而重新明訂營利事業稅籍清查作業守則，要求全國國稅機關務必依據財政部所訂清查時程，對全國營利事業進行常態性清查作業。
國稅局也會輔以營業稅資料庫，對有異常申報現象的企業進行查稅。財政部北區國稅局近期即有重大斬獲，其轄區內有零售業者以開立統一發票要加5%營業稅的理由，遊說消費者不索取發票，藉此短報銷售額。國稅局統計，僅單一營業人一年度查獲漏報的銷售額將近5,000萬元。
財政部提醒營業人，國稅局除會就營業人的銷售額申報情形進行分析外，也會在稅籍訪查時，瞭解營業人實際營業規模，業者如有漏開統一發票情形，在經人檢舉或國稅局發函調查前，可向稅捐機關辦理補報補繳，即可依規定免受處罰。
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