財政部日前依行政院衛生署意見，核釋醫師在醫療機構提供勞務報酬之課稅規定。自本(101)年度起，除私立醫療機構申請設立登記之負責醫師及聯合診所之個別開業醫師，其執行業務收入減除成本及必要費用後之餘額，應依所得稅法第14條第1項第2類執行業務所得課稅外，公私立醫療機構、醫療法人及法人附設醫療機構所聘僱並辦理執業登記之醫師從事醫療及相關行政業務之勞務報酬，應依所得稅法第14條第1項第3類薪資所得課稅，同時廢止該部90年12月27日台財稅字第0900457146號令有關西醫師駐診拆帳之課稅規定。

財政部表示，現行西醫師駐診拆帳課稅規定，自62年迄今，已行之有年，醫療機構與醫師間究屬「僱傭」或「駐診拆帳」關係，向由稽徵機關依雙方實際法律關係認定；該部相關函釋亦一再闡釋西醫師駐診拆帳之課稅原則，惟徵納雙方對駐診拆帳之認定仍時有爭議，該部因應經濟活動及契約型態之多元化，以上述90年令規定，西醫師在醫療機構從事醫療及相關行政業務所獲致之所得，究屬執行業務所得或屬薪資所得或兩者兼有，應由稽徵機關查明事實認定。至於執行業務者費用標準所稱「駐診拆帳」，係指醫療機構與西醫師間無僱傭關係，駐診醫師提供醫療專業知識與技術，而醫療機構提供護理人員、醫療器材及場所，雙方按駐診收入依合約所訂拆帳比例給付報酬而言。

鑑於醫療機構與醫師間法律關係，業經行政院衛生署據醫療法、全民健康保險法、民法及醫院評鑑制度相關規定，以該署100年2月1日衛署醫字第1000200812號函及同年11月17日衛署醫字第1000210622號函明確核復，醫療機構與醫師間不具駐診拆帳或合夥法律關係，應認屬僱傭關係。基於行政機關對於同一法律關係應採一致性認定，財政部乃重新檢討以往稽徵實務認可之醫療機構與醫師間駐診拆帳及合夥關係，核釋醫師在醫療機構提供勞務報酬之課稅規定，並廢止該部90年令，以資周延。本次重新核釋因屬法律見解變更，將自101年度起適用，不會溯及以往年度案件。
財政部指出，所得稅係按年度所得落後一年課稅，且本年度各類所得扣繳暨免扣繳憑單等書表及綜合所得稅法定申報期間(102年1月及5月)尚未屆至，本年度醫療機構扣繳義務人已依該部90年令規定就醫師之報酬按執行業務所得扣繳所得稅款者，扣繳義務人可依所得稅法第94條及同法施行細則第96條規定向稽徵機關辦理扣繳稅款之留抵或退還。

新聞稿聯絡人：謝科長慧美
聯絡電話：23228122