財政部臺北市國稅局表示，促進產業升級條例(以下簡稱促產條例)業於98年12月31日施行期滿，而公司98年度與以前年度員工分紅及以公司權益商品價格基礎給付之員工勞務成本，已依營利事業所得稅查核準則第71條規定認列為薪資支出，如於99年度或以後年度始實際發放或執行，該實際發放或執行數額，按費用認列當年度經稅捐稽徵機關核定符合促產條例及其公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法(以下簡稱促產投抵辦法)第2條第1項第1款規定之研發計畫之研發人員，實際從事研究與發展全職工作之月份比例計算金額部分，可依產業創新條例(以下簡稱產創條例)第10條及第72條規定適用研究發展支出投資抵減。

該局說明，如甲公司於99年度營利事業所得稅結算申報適用投資抵減之研究發展支出計新臺幣(下同)600萬元，其中100萬元為99年度實際發放屬前揭規定之98年度或以前年度之員工分紅、另500萬元為依產創條例及其公司研究發展支出適用投資抵減辦法(以下簡稱產創投抵辦法)列報之研究計畫之支出，若該研究計畫及其支出符合產創投抵辦法之規定者，則99年度可適用之研究發展支出為600萬元，得抵減稅額為90萬元(600萬元×15%)；若該研究計畫不符合產創投抵辦法之規定者，則99年度可適用之研究發展支出為100萬元，得抵減稅額為15萬元(100萬元×15%)；惟適用產創條例之抵減稅額不得超過當年度應納營利事業所得稅之30%。

該局提醒，公司98年度與以前年度員工分紅及以公司權益商品價格基礎給付之員工勞務成本，其於99年度或以後年度始實際發放或執行，則該實際發放或執行數額，按費用認列當年度經稅捐稽徵機關核定符合促產投抵辦法規定之研發計畫之研發人員，實際從事研究與發展全職工作之月份比例計算之金額，其適用投資抵減之抵減率為15%，並以不超過當年度應納營利事業所得稅之30%為限。

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