紙本電子發票保存不易，財政部大幅放寬企業以紙本電子發票做為會計憑證的限制。財政部指出，電子發票交易明細已可在政府發票整合平台查詢，即使紙本資料自然散失，均無須再影印，也無違法處罰問題。
電子發票自99年12月開辦以來，電子發票參與實施店家與開立張數飛快成長，今（101）截至5月開立張數已達7.5億張。
電子發票屬於無實體發票，企業或無載具的個人消費者，購物消費後店家會改開立紙本電子發票供消費者保存。但因紙本電子發票採用熱感紙質，保存有一定期限，發票上資料即會消失，引發企業記帳及民眾兌獎的疑慮。企業並反映，取得紙本電子發票做為會計憑證，還要一張張影印保存，增加帳務處理成本及時間，非常不便。
為解決企業以紙本電子發票記帳的疑慮，財政部決定大幅放寬處理方式。
依據實體消費通路開立電子發票試辦作業要點，電子發票試辦廠商均應依消費者要求，在開立電子發票時，提供註記買受人統一編號的紙本電子發票作為會計憑證，並上傳至整合服務平台。
財政部表示，紙本電子發票除可作為會計憑證，已可在財政部電子發票整合服務平台查詢發票明細。企業若仍有黏貼保存紙本憑證的需求，仍可直接用紙本電子發票作為保存方式，並在會計傳票摘要欄註記發票字軌號碼，作為日後查詢依據即可。
財政部說，企業員工若需索取作為報帳用途使用的紙本電子發票，也因發票消費明細內容均已保存在「發票平台」上，企業只要以工商憑證登入，即可查詢及下載，毋須再保存或影印紙本電子發票。
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