100年12月31日以前，一般替代役役男及第1階段、第2階段研發替代役役男之薪餉，可適用100年1月19日修正前所得稅法第4條第1項第1款有關現役軍人之薪餉免納所得稅規定。
因應現役軍人自101年1月1日起課徵所得稅，上開替代役役男自101年度起支領之薪餉，亦應按所得稅法第14條第1項第3類薪資所得規定課徵所得稅。財政部為協助內政部釐清替代役役男所支領之各項給與所得稅徵免疑義，近日核釋其各項給與所得稅徵免及適用規定彙整如附表。
財政部說明，替代役役男之薪額、專業加給、地域加給、及年終工作獎金（扣除管理加給部分）、第1及第2階段研發替代役役男之交通津貼等項目，應按所得稅法第14條第1項第3類薪資所得規定課稅。另替代役役男之主、副食費、第1及第2階段研發替代役役男之住宿津貼及一般替代役役男之管理加給，則可按所得稅法第4條第1項第5款、該部66年3月30日台財稅第32062號函及76年10月5日台財稅第761187694號函規定，免納所得稅。
財政部指出，配合軍教薪資所得自101年度起恢復課稅，明確規範替代役役男支領各項給與之徵免所得稅規定，可消弭可能之課稅爭議，並有利徵、納、扣三方遵循。
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