財政部臺北市國稅局表示，營利事業因為業務需要延時加班而發給之加班費，未超出勞動基準法第32條所訂加班時數標準部分，即延長工作時間連同正常工作時間，一日不超過12小時，延長之工作時間，一個月未超過46小時者，加班費得不計入個人薪資所得課稅，但仍應注意員工需確有加班事實，且營利事業應有確實支付加班費之事證，才能憑以認定。
該局查核 A公司99年度營利事業所得稅結算申報案件，發現A公司列報加班費300餘萬元，較其上年度加班費30餘萬元增加幅度高達10倍，經詳細核對其薪(工)資印領清冊、銀行蓋章證明存入之清單及加班紀錄等資料，發現其中200餘萬元並無支付事實，亦即該公司有虛報加班費之逃漏稅情事，除補稅外，並依所得稅法第110條規定處罰。
該局呼籲，營利事業申報加班費，除應與業務有關外，更應妥善保存加班紀錄及支付證明等文件，據實申報；如無加班事實，切勿心存僥倖虛報加班費，以免遭查獲後，除補稅外仍須受罰，將得不償失。
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