財政部臺灣省南區國稅局表示，營利事業必須符合「公司組織」、「會計帳冊簿據完備」、「虧損及申報年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證」及「如期申報營利事業所得稅」四項要件，才能適用所得稅法第39條有關盈虧互抵的規定。
該局進一步說明，所得稅法第39條所稱「會計帳冊簿據完備」，除該公司形式上已設置及取得相關法令規定的帳簿及憑證外，必須帳簿及憑證符合所得稅法第21條：「營利事業應保持足以正確計算其營利事業所得之帳簿憑證及會計紀錄。」及商業會計法第34條：「會計事項應按發生次序逐日登帳，至遲不超過2個月。」等規定。
另所得稅法第39條已於98年1月21日修正公布，將可以自本年純益額中扣除的以往年度核定虧損，由前五年修正放寬為前十年，請營利事業注意新規定，以免損及公司權益。
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