因應營運全球化的趨勢，公司為降低製造成本或拓展外銷，經常會在國外設立子公司，南區國稅局提醒公司如有派遣員工到國外子公司協助管理生產或行銷者，應特別注意支付長期派駐海外員工薪資的必要性及合理性，以便薪資費用順利獲得認定。

該局表示，依企業個體原則，母公司與子公司，為分別之獨立法人，主體及會計處理均應獨立處理，也就是應分別列報收入、成本及費用，因此，臺灣母公司派遣員工到境外子公司服務，如果無法證明費用必要性及合理性，也未向子公司收取相對勞務報酬者，相關人員之薪資、旅費、保險費及伙食費等費用就不能列報為臺灣母公司的費用。

南區國稅局已開發完成「營利事業員工長期派駐海外查核系統」，這項系統具有將營利事業員工薪資扣繳資料及移民署入出境紀錄快速交查比對功能，國稅局可完整掌握由國內企業列報薪資卻長期派駐海外的員工清冊，得以進一步分析營利事業列報收入與費用之合理性。

該局曾運用這項查核系統，發現轄內甲公司原為製造業，後來其生產部門於95年間陸續外移至大陸，97年已轉型為買賣業，惟97年度營利事業所得稅結算申報卻列報20多位長期派駐大陸的員工薪資費用2,000餘萬元，甲公司說明係因大陸人工成本較低廉，所以將製造部分移往大陸子公司生產，但為掌控產品品質，需派遣員工至大陸協助子公司管理生產及品質管制等事宜。因甲公司無法對這些長期派駐大陸員工薪資費用之必要性及合理性提出證明，經國稅局依收入成本費用配合原則及所得稅法第38條規定，認為這些費用並非屬甲公司營運所需，甲公司因此被調減相關人員之薪資、保險費及伙食費等共計2,300多萬元，甲公司雖循序提起行政救濟，但最後仍被最高行政法院判決敗訴。

行政法院判決理由指出，甲公司與大陸子公司係各自獨立之法人主體，應各自就其銷售之貨品及對象負瑕疵擔保責任，甲公司主張其派遣員工至大陸子公司監控生產流程及品質管制，縱然屬實，但甲公司員工替大陸子公司所從事之工作，已逾越甲公司本業及附屬業務之範圍，甲公司並未列報向大陸子公司應收取之服務收入，又未能證明該服務費用已反映於甲公司向大陸子公司進、銷貨價格中，國稅局基於收入與成本費用配合原則，剔除甲公司外派員工之相關薪資支出，並無違誤。

類此案件南區國稅局運用「營利事業員工長期派駐海外查核系統」而調增服務收入或調減人事費用，近3年來累計調整所得額已超過5億3千餘萬元。這項系統可以提供全面、快速且明確的分析結果，該局特別提醒營利事業若有長期派遣員工赴國外子公司服務時，務必注意檢視支付員工薪資之必要性及合理性，以免被調整補稅。

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