營利事業因受獎勵免稅或營業虧損，致加計短漏之所得額後仍無應納稅額者，應就短漏之所得額依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，分別依所得稅法第110條第1項或第2項之規定倍數處罰。但最高不得超過90,000元，最低不得少於4,500元。

該局指出：依所得稅法第110條第1項「納稅義務人已依本法規定辦理結算、決算或清算申報結算，而對依本法規定應申報課稅之所得額有漏報或短報情事者，處以所漏稅額2倍以下之罰鍰」及第2項「納稅義務人未依本法規定自行辦理結算、決算或清算申報，而經稽徵機關調查，發現有依本法規定課稅之所得額者，除依法核定補徵應納稅額外，應照補徵稅額，處3倍以下之罰鍰」，惟為考量受獎勵免稅或營業虧損之營利事業短漏報所得，並未短漏當年度所得稅額，其對國庫稅收之影響，係視該等營利事業以後年度是否依所得稅法第39條規定申報扣除該年度虧損而定，如依所得稅法第110條第1項及第2項規定處罰，又無合理最高金額之限制，恐有處罰過重之虞，爰於98年5月27日修正增訂所得稅法第110條第3項後段但書規定，營利事業因受獎勵免稅或營業虧損致加計短漏報之所得額後，如仍無應納稅額者，其處罰金額最高不得超過9萬元，最低不得少於4千5百元之規定，且營利事業於98年5月28日以前有所得稅法第110條第3項規定情形且尚未裁罰確定之案件者，均得適用處罰金額最高不得超過9萬元之規定，惟尚非所有短漏報所得案件均有其適用。

該局舉例說明:轄內甲公司於101年度經稽徵機關查獲98年度漏報所得額378萬元，經查該年度結算申報核定所得額為虧損422萬元，加計漏報所得額後，全部核定所得額仍為虧損44萬元，故無應納稅額，其計算應處罰鍰之基礎金額為93萬5千元（即核定短漏之課稅所得額378萬元×稅率25%－累進差額1萬元)，依所得稅法第110條第1項規定應處2倍以下罰鍰，因該公司已出具承諾書承認違章事實，是依稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表規定應處罰鍰37萬4千元（93萬5千元×0.4倍），惟所得稅法第110條第3項但書規定，其處罰金額最高不得超過9萬元，最低不得少於4千5百元，是本案應處罰鍰金額為9萬元。

該局呼籲：納稅義務人應依稅法規定誠實申報納稅，以避免遭受處罰。

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