南區國稅局表示，依離島建設條例規定，澎湖、金門、馬祖、綠島、蘭嶼及琉球地區之營業人，於當地銷售並交付使用之貨物或於當地提供之勞務，免徵營業稅。另依離島免徵營業稅實施注意事項第7點規定，核定使用統一發票之營業人，適用本條例免徵營業稅者，仍須依法開立統一發票及申報銷售額，並依統一發票使用辦法第8條規定於統一發票明細表免稅欄註記。
該局近來查獲設於離島地區之甲公司，101年3月至10月間銷售貨物予來當地旅遊之觀光客，未依法開立統一發票交付買受人；同期間進貨亦未依規定取得進項憑證，分別就經查明進、銷貨之總額處5%罰鍰；甲公司主張其符合離島建設條例規定免徵營業稅，進項稅額亦不得扣抵，並未逃漏營業稅額。該局說明，甲公司銷售貨物雖適用離島建設條例第10條第1項規定免徵營業稅，但仍須依法開立及取得統一發票並如期申報銷售額，其未依規定開立統一發票，已違反依法開立統一發票之義務，及進貨應自他人取得憑證而未取得，依稅捐稽徵法第44條規定，應按查明認定之銷貨總額及進貨總額分別處5﹪罰鍰。
國稅局特別提醒，營利事業依法規定應給與他人憑證而未給與，應自他人取得憑證而未取得，或應保存憑證而未保存者，應就其未給與憑證、未取得憑證或未保存憑證，經查明認定之總額，處5%罰鍰。又營業人如有前揭未依規定開立發票之情事者，應儘速在未經檢舉及未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，自動補開並向稽徵機關補報，以維自身權益。
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