財政部北區國稅局表示，所得稅法第39條規定，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用同法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課，其申請扣除之順序，應自虧損之次一年度逐年順序扣除。

該局進一步指出，前揭規定之虧損金額，應自當年度之純益額中全數扣除，惟經核准適用廢止前促進產業升級條例中有關抵減應納營利事業所得稅額之事業，如依上開規定順序申請扣除虧損，再適用抵減應納營利事業所得稅額規定，致損失其抵減權益者，得保留於以後年度申請扣除虧損，但應以不超過該法條所定之前10年內各期虧損為限。

該局舉例說明，甲公司99年度營利事業所得稅結算申報經稽徵機關核定虧損900,000元，該公司100年度申報全年所得額800,000元，並申報扣除以前年度虧800,000元，課稅所得額申報0元；嗣經稽徵機關查得該公司100年度尚有適用廢止前促進產業升級條例而尚未抵減之留抵稅額200,000元可扣抵，且100年度為可抵減之最後一年度(無抵減限額，且以後年度不得再抵減)，稽徵機關乃告知營利事業上開規定，並核定課稅所得額為800,000元、扣除以前年度虧損金額為0元、投資抵減稅額於當年度抵減之稅額為136,000元，可供以後9年內扣除之虧損核定為900,000元。

該局提醒，營利事業若適用廢止前促進產業升級條例中有關抵減應納營利事業所得稅額，其屬最後一年度者，可較盈虧互抵優先適用，先行扣抵應納稅額。惟應如何適用對營利事業最為有利，仍請營利事業審慎評估。

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