近年來企業常以合併方式來擴大經營規模，降低成本，提高競爭力；不過公司合併前的虧損，存續或新設公司可否扣抵呢？
南區國稅局表示，公司合併，其虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，而且如期辦理申報並繳納所得稅額者，依企業併購法第38條規定，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，可以將各該參與合併之公司在合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除的前5年內各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起5年內，從合併後存續或新設公司當年度純益額中扣除。
該局舉例說明，轄內甲公司在99年1月1日與乙公司合併，甲公司為存續公司，乙公司為消滅公司，合併股權各為3000股及1000股，亦即合併後股權比例甲公司股東為3/4，乙公司股東為1/4；合併時甲公司並無經稽徵機關核定尚未扣除虧損，乙公司則有尚未扣除虧損金額：92年度2000萬元、97年度3000萬及98年度1000萬元。甲公司99年度營利事業所得稅結算申報，列報以前年度虧損本年度扣除額1500萬元(＝6000萬*1/4)。經國稅局審理的結果，因92年度之虧損已逾5年扣除年限，因此，核認甲公司99年度前5年核定虧損扣除額為1000萬元(＝4000萬*1/4)，甲公司須補稅85萬元。
該局特別提醒營利事業，合併應注意以前年度結算申報案件虧損扣除額的限制：各參與合併公司依合併後股權比例計算及5年扣抵年限，以免被調整補稅。
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