財政部臺北國稅局表示，公司申請適用產業創新條例第10條研究發展支出投資抵減者，應於辦理當年度結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內（以會計年度採曆年制之公司為例，即於支出之次年2月至5月間，例如102年研究發展支出應於103年2月至5月間提出）檢具有關文件向中央目的事業主管機關（以下簡稱主管機關）申請認定其當年度研究發展活動是否符合研究發展或創新活動，始得適用租稅抵減之奬勵。
該局查核甲公司99年度列報研究與發展支出12,050,000元及其可抵減稅額1,807,000 元，因其主管機關出具之研究發展活動認定意見書載明，甲公司99年度研究發展計畫係配合市場客戶需求所進行研發，國內其他廠商亦有從事研發其生產之產品，不具高度創新性，非屬產業創新條例所定租稅獎勵範疇，其相關支出自不得享受抵減當年度應納營利事業所得稅額之租稅優惠，核定研究與發展支出0元、其可抵減稅額0元。該公司不服，依稅捐稽徵法第35條規定提起復查亦遭駁回。
該局呼籲，公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，除應注意於申請認定期間截止日內，檢附相關證明文件向主管機關申請研究發展活動事實之認定外，於辦理營利事業所得稅結算申報，填報申報書租稅減免附冊第15-2頁時，如研發活動經主管機關認定符合投資抵減辦法第2條及第3條之規定，始有投資抵減獎勵之適用。納稅義務人應注意依相關規定辦理，以免影響權益。
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