免辦營業登記的機關學校，一旦發生逃漏稅情形，處罰不會比一般企業重了。財政部已經修正稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表，增定免辦營業登記的營業人，若未依規定繳納營業稅時，也可以按照查獲次數與漏稅額高低，予以減罰。
新規定包括政府機關、市立或國立學校等免辦理營業登記者，首次被查獲漏稅，不論漏報金額多寡，一律只罰0.5倍；在修正之前，同一漏稅行為，最高可按漏稅額處1.5倍的罰鍰。
財政部舉例，A國立大學短漏報出租停車位收入24萬元，在裁罰倍數參考表修正之前，因為其漏稅額為1.2萬元（24萬元收入按5%營業稅率計稅），應按漏稅額0.6倍處罰鍰7,200元；修正之後，因A大學為初犯，只需按0.5倍處6,000的罰鍰。
現行營業稅法第29條規定得免辦營業登記者，僅限於專營免稅貨物或勞務者及各級政府機關。財政部強調，這些免辦營業登記的機關學校，並非代表享有免稅，如有銷售應稅貨務或勞務行為，還是要依規定繳營業稅。
不過，財政部發現，免辦營業登記的機關學校等機構，一旦發生短漏報營業稅情形時，依照修正前的裁罰倍數參考表，按照「其他漏稅行為」的罰鍰倍數，漏稅額愈高處罰愈重，最低為0.5倍（漏稅額1萬元以下）；最高可達到本稅的1.5倍（漏稅額20萬元以上）。
【2013/09/12 經濟日報】
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