稅捐稽徵法第48條之3規定：「納稅義務人違反本法或稅法規定，適用裁處時之法律。但裁處前之法律有利於納稅義務人者，適用最有利於納稅義務人之法律。」此為違章裁處罰鍰案件適用從新從輕原則之法源依據，而且對於未裁處、或已裁處但未確定之案件（包含復查、訴願或行政訴訟中，尚未裁罰確定之案件），均有其適用。基於上開法令規定，有部分民眾誤以為所有稅捐核課案件均可適用「從新從輕」法則，這是錯誤的觀念。
北區國稅局特別澄清，前開規定僅適用於違章裁處罰鍰案件，而課徵本稅部分則不適用，有關租稅之課徵，如稅率、免稅額及扣除額等之修正，係涉及稅額之實體事項，應採實體從舊之法律適用原則，在法律未明文規定得溯及既往時，均適用「行為時」法律，不能追溯適用，故以修正條文公布生效後，發生之案件始有適用，其目的是要確定法律之權利義務關係；至於申報期間、各項稽徵程序規定則採程序從新之適用原則，此應予釐清與明確劃分。
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