財政部臺北國稅局表示，依據產業創新條例授權訂定之公司研究發展支出適用投資抵減辦法第12條規定，公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，檢附相關證明文件，向中央目的事業主管機關申請研究發展活動事實之認定，並於辦理營利事業所得稅結算申報時，填報營利事業所得稅結算申報書租稅減免附冊第15-2頁，如研發活動經主管機關認定符合前述投資抵減辦法第2條及第3條之規定，始有投資抵減獎勵之適用。
該局進一步說明，公司若有(一)專為用於研究發展所購買或使用之專用技術；(二)專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統；(三)委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用；(四)公司與國內、外公司共同研究發展所為之支出等4項支出，須另向中央目的事業主管機關申請專案認定，該專案認定申請，應與研究發展活動認定之申請案件併案提出但請分開裝訂。申請日之認定，以申請書送達中央目的事業主管機關之日或交郵當日之郵戳所載日期為準。
該局再次呼籲，會計年度102年度採曆年制之公司如欲適用產業創新條例之研究發展支出投資抵減，依規定最遲應於本(103)年5月31日前(適逢例假日，順延至6月3日)，向中央目的事業主管機關提出研究發展活動及專案支出認定之申請，請公司注意相關規定，以免影響適用投資抵減之權益。
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