該所進一步表示，上述修正條文「兩稅合一」將現行完全設算扣抵制修正為部分設算扣抵制，除了我國境內居住個人股東外，亦修正非居住者股東獲配之股利淨額中已加徵10％營利事業所得稅部分之稅額，僅得以其現行規定之半數抵繳該股利淨額之應扣繳稅額。而本國法人股東仍維持現行課稅制度，公司組織投資國內其他營利事業，獲配盈餘分配，不計入所得課稅，所獲配股利總額所含之可扣抵稅額應計入當年度股東可扣抵稅額帳戶。另除小規模營利事業外之獨資、合夥組織之營利事業結算申報，應以其全年應納稅額半數減除尚未抵繳之扣繳稅額為其應繳納之稅額，並將其營利事業所得額減除應納稅額半數之餘額，歸併獨資資本主及合夥組織合夥人之營利所得，課徵綜合所得稅。
該所提醒，為利徵納雙方遵循，所得稅法第126條明定本次本所得稅制調整方案施行日期，有關我國境內居住個人股東、非居住者股東獲配股利或盈餘之可扣抵稅額之計算，自104年1月1日施行，營利事業可於本年度將盈餘多分配予股東，回饋股東，共享營利事業營運之成果。其餘所得稅法修正條文自104年度施行，故獨資、合夥組織之營利事業所得稅之計算，於105年申報104年度營利事業所得稅及綜合所得稅時適用。
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