財政部北區國稅局表示，按「臺灣地區人民、法人、團體或其他機構有大陸地區來源所得者，應併同臺灣地區來源所得課徵所得稅。但其在大陸地區已繳納之稅額，得自應納稅額中扣抵。……前二項得扣抵數額之合計數，不得超過因加計其大陸地區來源所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額。」為臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條所明定。又按「本條例第24條第3項所稱因加計其大陸地區來源所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額，其計算如下：……有關綜合所得稅部分：
〔（臺灣地區來源所得額＋大陸地區來源所得額）－免稅額－扣除額〕×稅率－累進差額＝綜合所得額應納稅額。
（臺灣地區來源所得額－免稅額－扣除額）×稅率－累進差額＝臺灣地區綜合所得額應納稅額。
綜合所得額應納稅額－臺灣地區綜合所得額應納稅額＝因加計大陸地區來源所得而增加之結算應納稅額。」為同條例施行細則第21條第6項第2款所規定。
該局說明，近年來有些納稅義務人受大陸地區廠商延聘為技術人員到大陸地區服務，領有大陸地區來源所得並已繳納大陸地區所得稅，但部分國人申報時，雖已將大陸地區來源所得合併辦理綜合所得稅結算申報，惟於計算大陸地區繳納所得稅可扣抵綜合所得稅之稅額時，誤以為可全額扣抵，未依前開規定計算可扣抵限額，致發生計算錯誤情形，該局在核定此類案件時，均依法予以補稅。
該局舉例說明，納稅義務人甲101年度臺灣地區來源所得合計1,800,000元，大陸地區薪資所得3,000,000元，全部免稅額為82,000元，扣除額合計218,000元，扣繳稅額90,000元，大陸地區已納所得稅1,100,000元，申報可扣抵稅額1,100,000元及應退稅額164,400元。其正確計算如下：
①【（臺灣地區來源所得1,800,000元＋大陸地區薪資所得3,000,000元） －免稅額82,000元－扣除額218,000元】×稅率40％－累進差額774,400元＝全部應納稅額1,025,600元
②（臺灣地區來源所得1,800,000元－免稅額82,000元－扣除額218,000元）×稅率20％－累進差額125,400元＝臺灣地區應納稅額174,600元
③因加計大陸地區來源所得增加之應納稅額＝○1－○2＝851,000元（抵減限額）
④全部應納稅額1,025,600元－扣繳稅額90,000元－大陸地區來源所得可扣抵稅額851,000元＝應補稅額84,600元（與申報退稅164,400元相比，稅額相差249,000元）
該局重申，我國國民不論係受聘本國公司或第三地公司於大陸地區提供勞務所取得之報酬，均應依法併同臺灣地區來源所得課徵綜合所得稅，惟在大陸地區已繳納之稅額，可在不超過因加計大陸地區來源所得而增加之應納稅額內扣抵。該局呼籲納稅義務人如有前述申報錯誤情形，請儘速自動向國稅局辦理更正。
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