營業人發包營建工程委由承包商施作，若約定以工程廢料直接折抵工程款，係屬在中華民國境內銷售貨物，應依法課徵營業稅，並開立統一發票交付承包商，實務上發現不少營業人，僅向承包商取得折抵後工程淨額之統一發票，而漏未開立給予承包商工程廢料之統一發票及向承包商取得同額工程款之進項憑證，而遭國稅局補稅處罰案例。
南區國稅局表示，其轄區內有某A營造公司於100年間將其道路改善工程總額1,040萬元發包給B公司承作，並約定將所刨除之瀝青混凝土廢料折抵應給付B公司之工程款40萬元，A公司僅需給付工程款1,000萬元與B公司，B公司亦開立工程淨額1,000萬元之統一發票與A公司，觀其上述交易，無異是A公司銷售刨除料供B公司做為進料，合約約定以刨除料折抵工程款，該部分屬債權債務相互抵銷，並非工程總額之減少，經折抵之刨除料，仍屬工程總額之一部分，自應併入工程總價開立統一發票，然A公司僅取得工程淨額1,000萬元之統一發票，即漏未取得40萬元進項憑證部分，應依稅捐稽徵法第44條規定處罰；另A公司銷售刨除料40萬元與B公司，A公司漏未依規定開立統一發票及申報銷售額，除需補徵營業稅，並應依稅捐稽徵法第44條及營業稅法第51條第1項第3款規定擇一從重處罰。
該局進一步說明，若是政府機關辦理道路工程發包施工，如有約定以刨除料折抵工程款，亦屬在中華民國境內銷售貨物，應依法課徵營業稅，並開立機關團體銷售貨物或勞務申報銷售額與營業稅額繳款書交付承包商；惟該政府機關辦理工程相關收入與支出如列入單位預算，收入全數解繳公庫者，依規定免徵營業稅，但仍應開立自行收納款項統一收據交付承包商。
該局特別提醒，無論是營利事業或政府機關發包工程，如有以工程廢料折抵工程款情形，切記仍應取具工程總額之統一發票，有關銷售工程廢料部分記得開立銷項憑證（統一發票、機關團體銷售貨物或勞務申報銷售額與營業稅額繳款書或自行收納款項統一收據），以免受罰!

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