財政部說明，鑑於兩稅合一股東可扣抵稅額減半新制自104年1月1日實施後，營利事業可分配予我國境內居住之個人股東之可扣抵稅額，已修正為按股利淨額依稅額扣抵比率計算金額之半數，其餘半數則不得分配，故稽徵機關於計算超額分配應補稅額及裁罰基礎時，應將不得分配之半數排除在外，以符實際。該部將於近日發布解釋，以利徵納雙方遵循。
財政部提醒，兩稅合一股東可扣抵稅額減半新制實施後，營利事業如有超額分配可扣抵稅額之情形，自動依稅捐稽徵法第48條之1規定，向稅捐稽徵機關補報並補繳超額分配稅款者，亦應依上開規定計算應補繳稅款，並得於補繳日計入股東可扣抵稅額帳戶；經核定超額分配應補繳稅額，於實際繳納日亦可計入股東可扣抵稅額帳戶。
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