南區國稅局進一步說明，為改善所得分配及增加國庫稅收，自104年1月1日起，開始實施兩稅合一股東可扣抵稅額減半新制，營利事業分配給我國境內居住個人股東的可扣抵稅額，已經改為按股利淨額依稅額扣抵比率計算金額的半數，其餘半數則不得分配扣抵，因此，在計算超額分配應補稅額及裁罰基礎時，也應該以股利淨額依稅額扣抵比率計算金額的半數作為核算基準。財政部已於104年12月30日發布解釋，明確規定，超額分配應補稅額及裁罰基準為股利淨額乘上稅額扣抵比率計算金額的半數與實際分配的可扣抵稅額的差額。
該局舉例說明，甲公司於104年6月30日召開股東會並決議分配屬103年度股利淨額為600萬元，該公司股東均為中華民國境內居住之個人，依據所得稅法第66條之6規定計算適用之稅額扣抵比率為15%、故分配予股東之可扣抵稅額應為45萬元（600萬元×15%×1/2），惟該公司因計算錯誤，申報稅額扣抵比率為23%，致實際分配股東之可扣抵稅額為69萬元（600萬元×23%×1/2），則計算甲公司超額分配可扣抵稅額應補繳之稅額及裁罰基準為24萬元（69萬元-45萬元）。
南區國稅局特別提醒營利事業，兩稅合一股東可扣抵稅額減半新制實施後，營利事業如有超額分配可扣抵稅額的情形，依稅捐稽徵法第48條之1規定，自動向國稅局補報並補繳超額分配稅款者，也應依上開規定計算應補繳稅款，並得於補繳日計入股東可扣抵稅額帳戶；經核定超額分配應補繳稅額，於實際繳納日亦可計入股東可扣抵稅額帳戶。
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