南區國稅局表示，依照加值型及非加值型營業稅法第1條規定，在境內銷售貨物或勞務者，應依法課徵營業稅，惟依同法第3條第2項但書及其施行細則第6條規定，藥師或藥劑生為執行業務者，提供專業性勞務非屬營業稅課徵範圍。因此，藥局依醫師開立處方箋調劑藥品之業務收入，屬藥師或藥劑生之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅；但是藥局如果有兼賣成藥或一般用品，則應依法辦理營業登記，課徵營業稅，每月銷售額如果超過20萬元，稽徵機關將核定為使用統一發票商號。
該局呼籲，如經稽徵機關核定使用統一發票之藥局，銷售一般用品應確實依規定開立統一發票，若因一時疏忽，有漏未開立發票情形，在未經檢舉及稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，應儘速依稅捐稽徵法第48條之1規定，向所轄稽徵機關補報並補繳所漏稅款，以免受罰。
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