該局進一步說明，依財政部89年10月19日台財稅第890457254號函釋規定，依加值型及非加值型營業稅法第35條第1項規定營業人不論有無銷售額，應按期填具申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。準此，營業人之進項稅額准予扣抵或退還，應以已申報者為前提，故營業人違反同法第51條第1項第1款至第4款及第6款，據以處罰之案件，營業人如於經查獲違章漏稅後始提出合法進項憑證者，稽徵機關於計算其漏稅額時不宜准其扣抵銷項稅額，並經司法院釋字第660號解釋尚無牴觸憲法第19條之租稅法律主義。
該局並舉例說明，甲公司銷售房屋漏開房屋款發票，銷售額200萬元，銷項稅額10萬元。經稽徵機關函查後，甲公司始提出前有委託房仲業者銷售該房屋，取得仲介費發票銷售額20萬元，進項稅額1萬元。甲公司主張因尚未申報該張進項發票扣抵銷項稅額，故核算漏稅額時應以10萬元減除1萬元，即9萬元為本次漏稅額補稅及裁罰。惟依上開說明，查獲短漏報銷售額始提出進項憑證不准扣抵銷項稅額，本件仍應以10萬元為漏稅額補稅及裁罰。
該局呼籲，營業人銷售貨物或勞務時，應誠實開立統一發票及報繳營業稅。又營業人之進項稅額准予扣抵或退還，係以已申報者為前提，如經查獲後始提出，縱為合法進項憑證，仍不准扣抵當次查獲短漏報之銷項稅額，營業人應依規定申報，以維自身權益。
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