該局指出，兼營營業人於年度中由比例扣抵法改採直接扣抵法，如該年度改採直接扣抵法計算營業稅額之期間未滿9個月，應於改採直接扣抵法前報繳營業稅之當期，視為當年度最後一期採比例扣抵法辦理調整，當年度最後一期則免辦理調整，俟次年度最後一期依直接扣抵法調整稅額時，再將上年度全年股利收入彙總加入併同辦理調整。惟「當年度最後一期」是指採曆年制會計年度11、12月；如採非歷年制者得向主管稽徵機關申請核備，於報繳該會計年度最後月份所屬之當期營業稅，辦理該會計年度之營業稅年度調整申報。
該局舉例，兼營營業人於106年11月改採直接扣抵法，因該年度改採直接扣抵法計算營業稅額之期間未滿9個月，應於申報106年9-10月營業稅時視為當年度最後一期並依比例扣抵法辦理調整，而106年度取得之股利收入則應於106年11-12月列入免稅銷售額申報且免辦理調整，俟107年11-12月期申報營業稅時再依直接扣抵法併同調整。
該局呼籲，兼營營業人應依規定計算調整稅額，倘有漏未調整情事致短漏營業稅，在未經檢舉或稽徵機關進行調查前，自動補報及補繳所漏稅款並加計利息者，依稅捐稽徵法第48條之1規定可免予處罰。
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