財政部表示，為鼓勵民間機構參與重大公共建設，促進民間參與公共建設法（以下簡稱促參法）第36條第1項規定，民間機構得自所參與重大公共建設開始營運後「有課稅所得之年度」起，最長以5年為限，免納營利事業所得稅。

財政部說明，為利參與重大公共建設之民間機構適用前開租稅優惠措施，以發揮政策效果，該部於90年訂定發布「民間機構參與重大公共建設適用免納營利事業所得稅辦法」(以下簡稱促參免稅辦法)，嗣經多次檢討修正，其中規定民間機構免納營利事業所得稅範圍，以經營重大公共建設之所得為限，至其經營附屬事業所得不適用之；並規定判定適用免稅起始年度「有課稅所得之年度」之「課稅所得」，指民間機構參與各重大公共建設之營業收入減除營業成本、營業費用，加計歸屬該重大公共建設之非營業收益及減除歸屬該重大公共建設之非營業損失後之餘額為正數，依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得，未明定可減除所得稅法第39條第1項但書規定之前10年虧損，實務適用滋生疑義。

考量重大公共建設多為我國亟待興建及配合國家經濟建設之重大項目，施工期間較長，營運初期營業收入可能難以支應成本支出，需依賴後續年度之盈餘彌補初期之虧損，爰規定得自開始課稅之年度起，至多以5年為限，免納所得稅，並得於4年內自行選定延遲開始免稅之期間，其延遲期間最長不得超過3年，以期參與重大公共建設之民間機構能享有較大免稅利益。又為避免以年度為期限計算所得課稅，各年度盈餘波動幅度大之營利事業實質租稅負擔較重，爰所得稅法第39條第1項但書規定符合規定要件者，得於計算課稅所得額時減除前10年度經稽徵機關核定之虧損數。鑑於參與重大公共建設之民間機構營運初期符合該條立法意旨所稱盈餘波動幅度大之情形，爰財政部於107年2月26日補充核釋，計算重大公共建設當年度有無依所得稅法規定應課徵所得稅之所得額，宜減除該民間機構辦理所得稅結算申報時，申報減除之所得稅法第39條第1項但書規定經稽徵機關核定之前10年內各期虧損，據以判定該民間機構所參與之重大公共建設開始營運後有無課稅所得額，並考量免稅範圍係以經營重大公共建設之所得為限，故減除以前年度各期虧損時，應以各該期虧損屬於該重大公共建設之虧損為限。

財政部補充說明，基於促參法為銜接獎勵民間參與交通建設條例(以下簡稱獎參條例)所定，獎參條例第28條與促參法第36條之立法意旨相同，兩者規定之「有課稅所得」宜採一致性解釋。上開解釋令，可使初期虧損之民間機構享有較大免稅實益，以落實促參法第36條及獎參條例第28條之獎勵意旨。
 

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