該局舉例說明，轄內甲公司104年度營利事業所得稅結算申報案件，將按季在大陸地區繳納的企業所得稅250萬元，列報稅捐費用並自所得額中減除。經查該公司在大陸地區設置代表處，依據大陸稅法規定應按季預繳企業所得稅，在年度終了後5個月內，結清應繳應退稅款。該代表處在大陸預繳的企業所得稅，依營利事業所得稅查核準則第90條第2款規定，性質屬盈餘分配，非屬費用或損失，經該局予以剔除，並補徵稅款42.5萬元。
該局進一步說明，依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條規定，營利事業有大陸地區來源所得者，應併同臺灣地區來源所得課徵所得稅。但其在大陸地區已繳納之稅額，得自應納稅額中扣抵，得扣抵數額，不得超過因加計其大陸地區來源所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額。
甲公司在大陸地區設置代表處係為了協助處理當地事務，並無營利行為，該公司既無大陸地區來源所得併入國內所得課徵所得稅，並未增加國內應納稅額，因此，在大陸地區繳納的企業所得稅250萬元，不能自其應納稅額中扣抵。
該局再提醒營利事業，列報稅捐費用時，應注意稅法及相關法令規定，以維護自身權益。如仍有不明瞭之處，可至該局網站(https：//www.ntbna.gov.tw)查詢相關法令，或利用該局免費服務電話0800-000321洽詢，該局將竭誠提供詳細諮詢服務。
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