財政部說明，衛福部表示依醫療法第3條至第6條規定，醫療機構設立之權屬別分別為公立醫療機構、私立醫療機構、醫療法人及法人附設醫療機構等4類，宗教法人附設醫院非屬上開規定範圍，亦無其他得設立醫院之法源依據，衛福部爰要求宗教財團法人應另設醫療法人，並將原供附設醫院使用之不動產捐助移轉與經其許可新設之醫療財團法人，不得維持由宗教財團法人附設醫院之現況。
財政部進一步說明，此類醫院非醫療法第38條第3項規定之私立醫療機構，尚無不課徵土地增值稅之適用，考量宗教財團法人將原供附設醫院使用之不動產捐助移轉與經衛福部許可新設之醫療財團法人，屬配合政府法令規定辦理，與一般所有權移轉情形不同，為減輕醫院租稅負擔，提高配合意願，達到醫療法保障病人權益，增進國民健康之目的，財政部核釋該次移轉不課徵土地增值稅及無須課徵印花稅。但前開土地於再次移轉第三人時，應以該土地無償移轉前之原規定地價或前次移轉現值為原地價，計算漲價總數額，課徵土地增值稅。
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