該局舉例說明，甲公司105年間承攬乙公司○○店鋪住宅新建工程，該工程業已完工，並取得使用執照，其中工程款840萬元（含稅），未依規定開立統一發票，漏報銷售額800萬元，經該局查獲，核定補徵營業稅額40萬元，並處罰鍰40萬元。甲公司主張該工程款迄未收訖，目前與乙公司之民事訴訟尚在法院審理中，其並無短漏開統一發票及漏報銷售額，不應對其補稅及處罰，申請復查遭該局駁回確定在案。
該局進一步說明，有關包作業營業人承包工程已依營業人開立銷售憑證時限表開立統一發票及報繳營業稅，倘嗣後因買受人事由無法收回價款，可依「財政部各地區國稅局受理包作業營業人因買受人事由無法收回價款申請退還營業稅或留抵應納營業稅作業要點」規定，於下列期限內申請退還：（一）因買受人倒閉、逃匿、重整、和解或破產之宣告，或其他原因，致應收款之一部或全部不能收回者：以事實發生並已取具相關證明文件之翌日起算10年內；（二）因應收款有逾期2年，經營業人催收，未能收取者：以該應收款逾期屆滿2年之翌日起算10年內；填具申請書、「營業人取得進項稅額憑證已申報扣抵銷項稅額明細表」及「營業人申請退還營業稅或留抵應納營業稅計算表」，並檢附相關證明文件，向主管稽徵機關申請退還營業稅或留抵應納營業稅。
該局特別提醒，包作業營業人，應於工程合約所載每期應收價款之時開立統一發票，而非以實際收取價款之時開立統一發票，尚不得以買受人未給付工程款為由，免除其依法開立統一發票之作為義務，以免遭補稅處罰。
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