該局指出，95年12月21日修正公布之兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項之規範目的，係在放寬兼營營業人得適用直接扣抵法之限制，容許帳簿記載完備、能明確區分購買貨物或勞務實際用途之兼營營業人，得採用直接扣抵法以真實反映進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買營業稅法第36條第1項勞務之應納稅額，俾使稅制更趨公平合理。故該辦法關於計算調整營業稅應納稅額，既有比例扣抵法及直接扣抵法可供選擇，而稅法上選擇權之行使本身即為確定納稅義務之方法，於選擇後如經核課確定，即不容其恣意變更，以維護法秩序之安定。
該局舉例，轄內甲公司104年11至12月期營業稅申報，列報免稅銷售額700萬元，並自行選擇採「比例扣抵法」計算進項稅額不得扣抵比例，調整營業稅額0元及本期應實繳稅額120萬元，經該局依申報數核定，並於105年7月13日公告送達，該公司均未申請變更為「直接扣抵法」，亦未於公告之次日起算30日內，申請復查，故全案於105年8月12日已告確定。嗣該公司申請改採「直接扣抵法」重新計算調整稅額，遭該局否准。循序提起復查、訴願，亦遞遭駁回。
該局呼籲，兼營營業人申報營業稅，於計算不得扣抵進項稅額時，應慎選採用之扣抵方式，一經選擇後，如欲變更方式應於核課確定前提出，以維權益。
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