財政部說明，依所得稅法第39條第1項但書規定，「公司組織」之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。依有限合夥法設立登記之有限合夥具有法人格，並依規定負擔納稅義務及享有分配盈餘權利，屬所得稅法第11條第2項規定之以其他組織方式成立之營利事業，雖非公司組織，惟其營利事業所得稅課稅方式與公司組織並無不同，基於兩者適用課稅規定之一致性及租稅公平合理，有限合夥可比照公司組織適用所得稅法第39條第1項但書虧損扣除規定。
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