該局指出，轄內甲公司為兼營營業人，103年1-12月應稅銷售額15餘萬元，免稅銷售額1,400餘萬元，於103年11-12月營業稅申報時，自行選擇採「比例扣抵法」計算進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例，申報累積留抵稅額4萬餘元，經該局按其申報數核定，並經確定在案。惟甲公司嗣後發現，改採「直接扣抵法」得申報累積留抵稅額198萬餘元，較為有利，依稅捐稽徵法第28條規定，以適用法令及計算錯誤為由，申請更正，經該局駁回其申請，仍表不服，提起訴願、行政訴訟亦遭最高行政法院判決駁回而告確定。
該局進一步指出，「比例扣抵法」及「直接扣抵法」均為計算免稅銷售額所對應進項稅額之法定方法，甲公司既作出選擇，並非適用法令錯誤或計算錯誤，且該案件經稅捐稽徵機關核定後，兼營營業人未申請復查，即生確定效力。因此，特別提醒兼營營業人，於申報時應慎選較有利之計算方式，以免自身權益受損。
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