該局說明，營業人正常營運情況下，就存貨週轉期而言，申報銷項稅額理應大於進項稅額，其差額即為「應納營業稅額」，惟若因短期大批進貨等原因，致申報進項稅額大於銷項稅額時，其差額即為「溢付營業稅額」。依加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱營業稅法)第39條第1項規定，一般僅於營業人外銷適用零稅率、取得固定資產或合併、轉讓、解散、廢止申請註銷登記等情形，由所在地國稅局查明後退還溢付營業稅額外，原則均應由營業人留抵應納營業稅。但情形特殊者，得由所在地國稅局專案報經財政部核准後退還。
該局進一步說明，因疫情嚴重影響各行各業，以致營業人原購入之進貨一時間未能銷售，取得之進項稅額大於開立之銷項稅額，產生營業稅溢付稅額，為協助發生營運困難之營業人，財政部於109年5月13日依營業稅法第39條第2項後段規定，發布「財政部各地區國稅局受理營業人因嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)疫情影響申請退還營業稅溢付稅額審核作業原則」，明定營業人因受疫情影響，得向所在地國稅局申請退還營業稅溢付稅額之認定標準及申請程序，並授權由所在地國稅局查明後退還，免逐案報經財政部核准，以簡化流程。國稅局審核時亦將秉持「寬一點」、「快一點」、「方便一點」三原則，加速退稅作業，其適用範圍及內容如附表1。
該局舉例說明，甲公司於109年1月15日營業稅稅籍狀況為營業中，且近期尚有溢付營業稅額，109年3-4月平均月營業額為新臺幣(下同)5百萬元，108年3-4月平均月營業額為1千萬元，109年3-4月平均月營業額較去年同期減少達50%，超過前揭審核作業原則所定之15%，符合得申請退還營業稅溢付稅額之條件。該公司109年5月15日申報營業稅溢付稅額如於30萬元以下，可向所在地國稅局申請全數退還，於審核作業原則適用期間內，如有新增之營業稅溢付稅額，亦可於累計金額（含前次已核退之金額）不超過30萬元之限額內申請退還；營業人於審核作業原則適用期間內，申請退稅金額累計超過新臺幣30萬元者，除符合營業稅法第39條第1項規定，或依同法條第2項但書規定另案申請報經財政部核准退還者外，應留抵應納營業稅。營業人可申請退還營業稅溢付稅額情形範例如附表2。
該局提醒，營業人如符合前揭審核作業原則規定，得於適用期間內檢具申請書及相關證明文件，向所在地國稅局申請退還溢付稅額。另為快速取得退稅款，避免退稅支票遺失之風險及需前往金融機構辦理兌現之不便，建議申請時可提供營業人金融帳號，以利以直撥轉帳退稅，省時又便利。本項措施之相關規定、申請流程及申請書格式，可至財政部網站「財政部因應嚴重特殊傳染性肺炎專區」(https://www.mof.gov.tw/covid19)，項下之「稅務協助度難關」查詢或下載運用，倘需進一步瞭解本項措施，各地區國稅局已設有專人諮詢窗口，營業人可多加利用。
（聯絡人：審查四科賴股長；電話：2311-3711分機2550）
02-29606596 
02-29606518 