該分局進一步說明，機關團體用於與其創設目的有關活動之支出如低於基金之每年孳息及其他各項收入60%，而當年度結餘款超過新臺幣50萬元，按免稅標準第2條第1項第8款第2目規定，須就該結餘款編列用於次年度起算4年內與其創設目的有關活動支出之使用計畫，經主管機關查明同意，才免納所得稅；嗣後若經主管機關查明同意之使用計畫支出項目、金額或期間有須變更之情形，機關團體最遲應於原使用計畫期間屆滿之次日起算3個月內檢附變更後之使用計畫送主管機關查明同意，變更前、後之使用計畫所定結餘款用於與創設目的有關活動支出之期間合計仍以4年為限(免稅標準第2條第4項)。
該分局特別提醒，機關團體若有前揭支出比率未達收入60%且結餘款超過新台幣50萬元之情形，除應編列結餘款使用計畫送主管機關查明同意外，如結餘款有未依原訂計畫使用之情形時，務請於原使用計畫屆滿之次日起算3個月之期限內向主管機關提出變更使用計畫申請，且變更前、後之支出合計期間不得超過4年，以免因未依規定期限報經同意或因支出期間合計超過4年致遭補稅。
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