該局舉例說明，甲公司106年度營利事業所得稅結算申報案件，經國稅局查核並通知提示帳簿文據卻未提示，經依其自行申報營業收入按同業利潤標準淨利率核算營業淨利，核定全年所得額新臺幣(下同)24,180,795元及應補稅額2,898,972元，此為第1次核定稅捐處分。嗣後國稅局另案查得其有漏報銷貨收入情事，並據以重新核定全年所得額40,798,056元及再補徵稅額2,824,934元，此為第2次核定稅捐處分。甲公司就第1次核定稅捐處分提起行政訴訟，主張第2次核定處分已「變更」並「取代」第1次核定處分，則第1次核定處分已不存在，已無訴訟利益云云。申經該局查核結果，第1次補稅處分係依甲公司自行申報營業收入核定所得額，第2次補稅處分係依查得甲公司漏報營業收入據以核定所得額，並減除第1次開徵之應納稅額後，核定補徵之稅額。同一所得年度不同之課稅處分，係稽徵機關依稅捐稽徵法第21條第2項規定，就另發現應徵之稅捐為補徵稅額之行政處分，均為獨立之課稅處分。同一所得年度每次行政處分之補徵稅額，均係減除前次核定數(或申報數)，就差額部分補徵稅額，故無重複開徵之虞，亦非取代前次行政處分，本案經最高行政法院判決駁回確定。
該局強調，稅捐稽徵機關於核課期間內發現應徵稅捐之新事實或新課稅資料，所據以作成之課稅處分，為另一獨立課稅處分，並非變更或取代原課稅處分;納稅義務人若對個別課稅處分不服，應分別於法定救濟期間內提起行政救濟，以維護自身權益。
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