財政部南區國稅局表示，營業人開立電子發票，字軌號碼為應行記載事項之一，如有重複開立而無法收回作廢重開情形，營業人在未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，主動向主管稽徵機關報備並依實際交易資料申報，且無短報、漏報營業稅額，免予處罰，但1年內有相同違章事實3次以上仍要處罰。
該局說明，營業人如以人工輸入字軌號碼且未建立相關檢核機制，極有可能發生開立電子發票字軌號碼錯誤或重複開立情形，造成買受人及兌獎作業困擾。又重複開立電子發票字軌號碼，如造成代發獎金單位溢付獎金，該溢付之獎金將由營業人賠付，營業人不可不慎。
該局舉例說明，甲公司為在地知名伴手禮專賣店，110年9月1日銷貨時誤將同一電子發票字軌號碼重複開立予2位消費者，其發現時遊客已離開，無法收回作廢重開，遂向所在地稽徵機關申請報備，並於申報110年9-10月期營業稅時覈實申報該2張發票銷售額及稅額，因甲公司已主動報備並依實申報，且為第1次發生，符合免罰之規定。
該局提醒，使用電子發票營業人可至財政部電子發票整合服務平台（https://www.einvoice.nat.gov.tw）下載字軌號碼，以檔案匯入開立發票系統並建立相關檢核機制，避免類似錯誤情形發生。
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