醫療院所主要執行業務收入，除全民健保收入、部分負擔及掛號費收入外，尚有自費收入，均須誠實依法申報，如有短、漏報情事，一經稽徵機關查獲會依法補稅及處罰。
財政部高雄國稅局以眼科醫療院所為例說明，近來民眾使用手機等科技產品頻繁，帶來藍光、近距離及用眼過度等問題，白內障手術有增加趨勢，為改善視覺品質，置換人工水晶體價格從健保給付到自費數萬元均有。國稅局每年都會蒐集業者使用人工水晶體自付差額類別、數量，分析申報之自費收入是否合理，由於醫療院所常收取現金，且收費較高之診療費大部分係病患自費負擔項目，因此時有隱匿並漏報該類業務收入情事，該局近期查獲轄內某眼科醫療院所短報向病患收取的自費人工水晶體收入，予以調增收入補稅並處罰鍰。
該局提醒，醫療院所為病患提供醫療行為所收取的自費收入均應確實申報，如經檢視有短漏報情事，在未經檢舉、未經稅捐稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，應儘速依稅捐稽徵法第48條之1規定自動向稅捐稽徵機關補報並加計利息補繳所漏稅款，以免漏稅遭補稅處罰。
如有相關法令適用疑義，可撥打免付費服務電話0800-000-321洽詢，也可至該局網站（https://www.ntbk.gov.tw）利用國稅智慧客服「國稅小幫手」線上查詢。
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