財政部臺北國稅局表示，營利事業依所得稅法第3條第2項但書規定，扣抵其境外所得已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，應提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證。所稱「同一年度納稅憑證」，依財政部93年9月14日台財稅字第09300452930號令規定，係指營利事業按權責基礎併計之境外所得所屬年度之同一年度納稅憑證。
該局進一步說明，營利事業辦理營利事業所得稅結算申報時，如有列報扣抵境外來源所得稅，應提出併計該境外所得所屬年度之國外納稅憑證。倘因尚未取得境外所得來源國稅務機關發給之納稅憑證，致未申報扣抵依境外所得來源國稅法規定繳納之所得稅，嗣營利事業取得該納稅憑證後，得依稅捐稽徵法第28條規定，向稽徵機關申請更正增列前述可扣抵稅額，並退還溢繳之稅款，但扣抵之數額不得超過因加計該境外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。
該局舉例說明，甲公司109年度營利事業所得稅結算申報課稅所得額新臺幣（下同）2,000萬元，其中包含源自菲律賓之境外所得500萬元，但於申報時因尚未取得菲律賓稅務機關發給之納稅憑證，爰自行繳納稅款400萬元（2,000萬元*20%）。嗣甲公司於111年取得菲律賓稅務機關發給之納稅憑證，並核算其依當地稅法規定繳納之所得稅可扣抵稅額折合新臺幣為50萬元，爰向該局申請更正109年度營利事業所得稅結算申報案件，增列依境外所得來源國稅法規定繳納之所得稅可扣抵稅額項目，及退還溢繳稅款50萬元，經該局核算未超過109年度因加計該境外所得而增加之應納稅額100萬元（500萬元*20%），予以核認所申請增列之可扣抵稅額，並退還溢繳之稅款50萬元。
該局呼籲，營利事業列報扣抵境外所得已繳納之所得稅可扣抵稅額，應留意與併計境外所得之所屬權責年度是否一致，避免因申報錯誤而發生需調整補稅之情形。另如於辦理結算申報時，未能提出上開納稅憑證而繳納稅款，嗣後取得納稅憑證，可依規定檢具相關資料向所轄稽徵機關申請更正退還溢繳之稅款。
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