近年來隨著國際貿易興盛，愈來愈多營利事業藉由跨境投資賺取境外所得，為避免雙重課稅，我國所得稅法第3條第2項規定，營利事業境外來源所得若已在所得來源國繳納所得稅，可在規定限額內扣抵因加計國外所得所增加之營利事業所得稅結算應納稅額，但須注意境外所得若是來自與我國簽訂有租稅協定的國家，則應留意該所得是否有依協定向他方締約國申請減免所得稅，如未申請適用協定，恐會影響營利事業扣抵稅額之權益。
財政部南區國稅局表示，依所得稅法第124條規定，境外所得的課稅依據，應優先適用租稅協定之規定，也就是營利事業取自協定他方締約國的所得，應先依協定規定，就屬於他方締約國免予課稅或訂有上限稅率的所得，向他方締約國申請適用減免，如營利事業未向他方締約國申請適用租稅協定減免所得稅而溢繳國外稅額，依適用所得稅協定查核準則第36條第2項規定，該溢繳之稅額不得申報扣抵營利事業於我國之應納稅額。
該局舉例，甲公司112年度向泰國A公司收取服務報酬500萬元，並取得泰國稅務機關核發繳納所得稅75萬元之憑證，甲公司於辦理112年度營利事業所得稅結算申報時，列報境外所得已繳所得稅之扣抵稅額75萬元，但依我國與泰國簽署之「駐泰國台北經濟貿易辦事處與駐台北泰國貿易經濟辦事處避免所得稅雙重課稅及防杜逃稅協定」第7條第1項營業利潤規定，一方領域之企業，除經由其於他方領域內之常設機構從事營業外，其所得或利潤僅由該一方領域課稅。經查甲公司於泰國並無常設機構，是其取自泰國A公司的服務報酬（即營業利潤），依前揭協定規定，應由我國課徵所得稅，泰國免予課稅。因甲公司未向泰國稅務機關申請適用租稅協定營業利潤免稅，致溢繳境外所得稅額75萬元，依適用所得稅協定查核準則第36條第2項規定，不得申報扣抵我國應納之營利事業所得稅。
該局提醒，營利事業取得境外所得應留意有無租稅協定減免所得稅之適用，如有適用租稅協定情形而未申請者，營利事業可向所轄國稅局申請我國居住者證明，並檢具相關申請文件，依租稅協定向他方締約國稅務機關申請減免或申請退還溢繳稅額，以維自身權益。
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