財政部臺北國稅局表示，營利事業處分因合併而取得消滅公司原持有之有價證券，應以合併取得該有價證券之成本，計算處分損益。
該局指出，依所得稅法第65條規定，營利事業在解散、廢止、合併、分割、收購時，其資產之估價，以時價或實際成交價格為準。是以，存續公司取得消滅公司之資產，應按合併日之時價或實際成交價格重新估價，作為資產取得成本據以入帳，嗣後出售資產時，以該成本計算出售損益。因此，存續公司處分因合併而取得消滅公司原持有之有價證券，應以存續公司合併取得該有價證券之成本作為出售成本，認列處分損益，而非以消滅公司原始取得該有價證券成本作為計算基礎。
該局舉例說明，甲公司113年度營利事業所得稅結算申報，列報屬所得稅法第4條之1規定之證券交易損失新臺幣（下同）2,000萬元，經核其內容係出售因合併而取得消滅乙公司原持有國內丙公司股票之損失，惟進一步查核發現甲公司計算處分損益時，誤以乙公司原始取得丙公司股票成本1億5,000萬元作為出售成本，而非以甲公司合併取得該股票之成本3,000萬元作為出售成本，致短漏報證券交易所得1億2,000萬元（列報出售成本1億5,000萬元-核定出售成本3,000萬元），該局乃核定證券交易所得1億元（申報交易損失-2,000萬元+短漏報交易所得1億2,000萬元），並依所得基本稅額條例第7條第1項規定，計入基本所得額，除補徵所漏稅額外並裁處罰鍰。
該局呼籲，營利事業出售因合併而取得之資產，於計算處分損益時，應特別留意相關法令規定，以免因短漏報處分所得遭補稅處罰。
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