財政部臺北國稅局表示，營利事業申報研究發展支出投資抵減時，應將從事研究發展所取得之政府補助款自適用投資抵減之研究發展支出中減除。
該局說明，政府為促進產業創新升級，提升國際競爭力，鼓勵營利事業積極投入研究發展活動，於產業創新條例第10條、中小企業發展條例第35條及生技醫藥產業發展條例第5條規定，營利事業得就符合獎勵範圍之研究發展支出金額一定限度內享有投資抵減，抵減其應納營利事業所得稅稅額；惟同一計畫如有取得政府補助款，該補助款部分係由政府實質出資，並非由營利事業實際負擔，為避免重複適用現金補助及稅額抵減優惠，應將該補助款自適用投資抵減之研究發展支出中減除。
該局舉例說明，甲公司113年經經濟部審定為生技醫藥公司，於辦理113年度營利事業所得稅結算申報時，申報符合獎勵規定之研究發展支出金額1,000萬元及投資抵減稅額250萬元（生技醫藥產業發展條例第5條規定，可抵減稅額為1,000萬元×25%），惟經該局查核時發現，甲公司申報之研究發展支出中，有一項研發計畫另外取得經濟部200萬元政府補助款，甲公司雖已將補助款列報取得年度之其他收入，惟漏未自申報適用投資抵減之研究發展支出中減除，經重新計算後，可抵減稅額為200萬元（800萬元×25%）。
該局提醒，營利事業申報研究發展支出適用投資抵減，相關計畫如取得政府補助款，應自適用投資抵減之研究發展支出中減除，以免因不符規定遭調整補稅並加計利息。
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