自100年度起，總機構在中華民國境內經營海運業務之營利事業，符合一定要件，經中央目的事業主管機關交通部核定者，其海運業務收入得選擇按船舶淨噸位，計算營利事業所得額課徵營利事業所得稅 (以下簡稱噸位稅制)。

為順應國際間實施噸位稅趨勢，鼓勵航商國輪回籍，提升我國海運之國際競爭力，財政部依所得稅法第24條之4第5項授權規定，研擬「營利事業適用所得稅法第二十四條之四計算營利事業所得額實施辦法(以下簡稱實施辦法)」，邀集相關單位研商獲致共識後，將於近日發布實施，以利徵納雙方遵循。該實施辦法共9條，重點如下：

一、營利事業適用噸位稅制之要件

1. 營利事業應為經交通部許可並以符合規定之船舶實際從事客貨運輸之船舶運送業。
2. 須登記擁有一艘以上中華民國船舶，且該等中華民國船舶淨噸位合計數占該營利事業及其直接或間接持股超過50%之子公司所擁有全部船舶淨噸位合計數之比例，自適用噸位稅制之第3年度及第5年度決算日起，應分別達到15%及30%。
3. 應僱用中華民國員工（含海上及岸勤人員）35人以上，並依規定應配置船員總人數計算，每15名船員提供2名實習生名額，承擔船員培訓義務。

二、噸位稅制之適用船舶、海運業務收入範圍及海運業務所得之計算

1. 適用船舶為營利事業自有或向他人以光船、計時、計程租入經營海上客貨運輸等業務之總噸位300以上之船舶。但不包括光船出租之自有船舶。
2. 海運業務收入範圍係指經營海上客貨運輸業務及其必要活動相關收入，暨其他經營海運業務必要且相關之損益。
3. 海運業務收入已依船舶淨噸位推計所得額，其相關成本、費用、利息或損失，不得再自非海運業務收入項下減除，可直接合理明確歸屬海運業務及非海運業務之成本、費用、利息支出或損失，應個別歸屬認列；其無法直接合理明確歸屬部分，應合理分攤。

三、營利事業向交通部申請審定、選定適用噸位稅之期間、程序、文件及辦理營利事業所得稅結算申報時應檢附之文件。

四、營利事業適用噸位稅制期間不符適用要件，經交通部撤銷或廢止審定之處理原則

1. 經交通部撤銷審定者，應自始不適用噸位稅制，其不符要件當年度及以前年度營利事業所得稅應依所得稅法規定計算。
2. 經交通部廢止審定者，自不符合要件之年度起連續5年，不得再選擇適用噸位稅制。

財政部說明，有關申請適用時程，依實施辦法第6條及第7條規定，以經營海運業務之營利事業自100年度營利事業所得稅申請及選定適用噸位稅制為例，營利事業至遲應於100年底前向交通部申請並取得審定函(交通部辦理核發審定函之作業期間最長得為3個月，請營利事業自行斟酌提出申請之時限)，101年2月底前檢具文件向交通部申請適用範圍證明函，經該部審核完成並取得其核發證明函後，於101年5月間辦理100年度營利事業所得稅結算申報時，應依所得稅法第24條之4第2項規定，按船舶淨噸計算海運業務收入之所得額。營利事業一經辦理結算申報選定適用噸位稅制，應連續適用10年，不得變更。

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