該局表示：雇主於員工檢疫(隔離)期間給付薪資金額之計算，包含薪金、俸給、工資及其他因從事工作獲致之經常性給與，無須扣除應付所得稅、保險費及工(公)會會費，請假日數應扣除例假日及休假日後，按雇主實際給薪金額核實計算。舉例來說：甲君為A公司月制型勞工(月薪60,000元÷30天=1日薪資2,000元)，於109年4月1日至4月14日經衛生主管機關認定應接受居家隔離，隔離期間遇例假日及休假日共6天(4/2~4/5、4/11、4/12)，甲君請防疫隔離假日數為8天，A公司實際給付薪資有3種情況(且A公司均未取得政府補助款)計算如下：(如附件)
因此，A公司得就上述實際給付薪資金額之百分之二百，自當年度營利事業所得額減除，並以計算所得額至零為限。
該局特別提醒，員工請假事由須為「不可歸責於雇主」始有薪資費用加倍減除之適用。倘中央流行疫情指揮中心已宣布特定區域返臺民眾須接受衛生主管機關檢疫(隔離)後，雇主仍指派員工前往該特定地區工作，則屬「可歸責於雇主」之事由，雇主給付該返臺員工隔離期間之薪資，不得適用薪資費用加倍減除之規定。
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